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5月线上课:紧扣最新热点零基础到手握5+生信热点分文章

私人订制课堂:紧扣最新热点零基础到手握5+生信热点分文章

这是史无前例的实战课程,你收获的不只是2天的互动教学课程,

你收获的是课后1对1的指导和个人文章批改,是科研思维的洗礼。

一次报课,一篇文章、终生受益。

(2022年5月14日-15日线上授课)

 

【课程特色】

1.生信体系:零基础极速掌握覆盖生信核心知识点的生信思维体系,摆脱精通生信知识却零散无体系,不会串联成文的窘境;

2.写作体系:零写作基础直接学会最正确SCI写作思路和步骤,摆脱无穷尽的无用的写作套路;

3.R语言本质:零基础极速掌握R语言的思维体系和核心知识点,避免耽误巨额宝贵时间变成专业码农,忘记了也不会写生信文章。

4.现场实战:一边讲解每个知识点,一边串联成文,实战分析和写SCI,课程讲完,一篇5+的稿子也写完;

5.私人定制课堂:学员可以带问题来,提一个课程外的知识点,课程上老师带领同学一起学习。

 

【授课老师】

百川,百川科研公众号创建者(BaichuanMedi),211/985大学教授,发表SCI文章50余篇,数家SCI杂志审稿人,资深职业写手,擅长SCI文章撰写与修稿,具有多年生信培训经验,学员反响热烈。本次将倾情奉献,从构文思路、到实操步骤、到写作指导、到投稿修稿,提供一站式指导,课程紧紧围绕差异分析、泛癌分析、多组学分析、多芯片联合分析、批量生存分析、信号通路的筛选、蛋白互作、免疫微环境、ceRNA网络、单细胞测序、实验关键基因的筛选、基因Signature的筛选、预测模型的建立、预测模型的评价、LASSO回归、Nomogram诺模图、ROC曲线、以及最新的热点(课上内容)等等进行抽吸剥茧的精讲,现场指导写作,课程结束当天能够写成自己的文章初稿。

 

【课程目标】

(1)没有课题时,自己找到课题;没有机制时,自己找到机制;

(2)让自己SCI文章或国自然项目内容更夯实,思路逻辑更完美;

(3)思路缺乏创新性,怎么办?老师给你最新的生信分析热点;

(4)掌握R语言的核心技能,掌握批量分析方法,掌握顶层计算机思维体系;

(5)掌握生信SCI写作思路和修稿思路,快速成稿一篇SCI文章,解决毕业就业晋级压力;

(6)掌握生信分析的独家套路(5个套路供你选择);

【课程核心内容,包含但不限于】

(1)泛癌分析;(2)非肿瘤生信的实操流程(以心梗示例)(3)生信分析联合meta分析; (4) 免疫微环境;(5)ceRNA网络构建;(6)细胞焦亡的分析流程;(7)蛋白质相互作用网络;(7)预测模型的建立及评价;(8)Cytoscape软件精讲;(9)实验基因的寻找与生信验证;(10)单基因泛癌分析;(11)多组学分析;(12)多芯片联合分析;(13)实验信号通路的筛选;(14)基因Signature的构建;(15)生信预测模型的建立;(16)预测模型的评价;(17)Cox回归;(18)LASSO回归;(19)Nomogram诺模图(20)ROC曲线;(21)单细胞测序核心知识点;(22)单细胞测序数据的整理;(23)单细胞测序数据的质控;(24)降维分析;(25)聚类分析;(26)单细胞测序细胞亚群的区分;(27)单细胞测序数据的差异分析;(28)单细胞测序细胞群的注释;(29)新的细胞亚群的鉴定;(30)如何结合生信热点发前沿文章。

 

【课程安排】

日期 课程主要内容
第1天

8:30-11:30

R语言基础知识介绍;R语言读入及读出; R包的多种安装模式; R包及bioconductor资源的使用; R语言数据框的操作; R语言数据结构及循环控制(向量、因子、矩阵、数据库、列表、for循环、if控制); DIY自己的人生第一个批量处理函数; R语言绘图原理及体系;R语言基本绘图和高级绘图精讲及实操;

GEO数据库介绍、下载、清洗和探针注释;TCGA数据的下载、清洗、不同类型数据的转换

第1天

1:30-5:00

多个GEO芯片联合分析的多种思路;

GEO芯片的probe探针的转化方法汇总

差异分析精讲(从表达矩阵的整理、归一化、标准化到差异分析、多组差异分析、配对差异分析)

差异基因的呈现(精美火山图、热图、PCA图、小提琴图)

GEO数据的处理流程演示及学员实战(数据清洗、热图、火山图、GO分析、KEGG分析、共表达分析)

R语言实现生存分析、功能注释(精美生存曲线图)

GSEA讲解及结果解读(精美GSEA图)

GSEA分析的全套流程讲解及结果的诠释(精美GSEA图)

两个基因相关性分析;

单基因生存分析

多基因生存分析

第2天

8:30-11:30

 

任意癌症任意基因在癌和癌旁的表达分析;

同一癌症不同亚型和不同分期的表达分析;

单基因在多个正常组织中的表达分析;

单基因在多个癌组织中的表达分析;

单基因在多个癌和癌旁中的表达分析;

预后模型类思路和实操精讲:基因Signature的构建;生信预测模型的建立;预测模型的评价; Cox回归; LASSO回归; Nomogram诺模图;ROC曲线。

蛋白互作网络构建、cytoscape的实操使用,MCODE的实操;

cytoHubba实操选取Hub genes(精美蛋白互作图)

多个GEO数据的分析思维及实操

 

第2天

1:30-5:00

ceRNA的理论讲解 mRNA incRNA miRNA的获取。ceRNA网络构建,ceRNA网络的验证 ceRNA网络的展示(发表极分子网络)

免疫微环境的理论讲解,免疫浸润实操:自己测序样本中免疫浸润

细胞丰度的计算;单基因表达与免疫细胞的影响、单基因突变与免疫细胞的影响、单基因拷贝数对免疫细胞的影响,免疫浸润细胞与临床因素的关系

单基因泛癌分析、泛癌表达量分析、泛癌生存分析 泛癌基因突变 泛癌免疫分析;

多组学分析;

单细胞测序的分析思路及操作流程(单细胞测序核心知识点;单细胞测序数据的整理;单细胞测序数据的质控;降维分析;聚类分析;单细胞测序细胞亚群的区分;单细胞测序数据的差异分析;单细胞测序细胞群的注释;新的细胞亚群的鉴定)

生信的其他应用(怎么利用TCGA/GEO数据库中找课题?怎么利用TCGA/GEO挖掘下游机制?如何利用TCGA/GEO数据库申请国自然?如何利用TCGA/GEO数据库发表文章?)

最新热点的分析思路指导(如何结合生信热点发前沿文章)

SCI文章模块化写作精讲和修稿策略,实例讲解:审稿人让补充实验,如何不做实验也能让审稿人满意。

实战环节:每个分析步骤的一步一步,“我在讲,你在做,不懂你就问”的DIY环节;

 

 

【涉及的31个议题】

1,没有课题时,如何找课题、找线索、找机制?

2,后续细胞实验,如何精准找到下游作用通路或因子?

3,花钱测序回来的一堆结果,乱七八糟,怎么梳理、再分析成一篇SCI论文?

4,gene signature类文章的一些禁忌,哪些是评审专家特别看重,一票否决的点?

5,当下热门的免疫微环境是怎么回事,怎么利用自己的数据进行操作?

6,审稿人说只有生信分析,没有实验验证,怎么办?,

7, TCGA数据库中的数据,怎么下载,需要进行哪些数据清洗?

8,文章写好了,怎么选刊,避免踩雷?

9,WGCNA是什么东西,为什么是生信分析的神器?

10,生存分析有几种方案?怎么进行批量操作?

11,免疫浸润的计算方法有多少种,怎么多种方法批量分析?

12,目前有什么热点,怎么结合热点,发出不一样的生信文章?

13,单基因生信分析,能做到什么程度?

14,两个基因,能进行什么生信分析,产生多少结果用于SCI文章中?

15,一群基因,能进行什么生信分析,产生多少结果用于SCI文章中?

16,如何利用生信挖掘,没有试验前期,也能写课题中标书?

17,差异表达分析怎么做、配对样本怎么做,多组样本怎么做,小样本怎么做,大样本怎么做?

18,GSEA基因集富集分析,优点是什么,缺点是什么,怎么做?CNS的大牛文章中到底是怎么用GSEA的?怎么在文章或课题里利用GSEA加分?

19,ceRNA网络怎么构建? 对于mRNA,miRNA,lncRNA,cirRNA,我们应该做些什么?

20,GE0芯片数据,除了热图、火山图,还能做什么?

21,那么多GEO平台,如何以不变应万变的进行探针ID转换?

22,GEO多芯片数据,如何进行批次效应的处理?

23,ssGSEA算是批次效应的终结者吗?批次效应的终结者到底是什么?

24,如何对长链非编码RNA、假基因等一网打尽的注释?

25,单基因GSEA怎么做?有什么用途?跑出的结果怎么挑选和分析?

26,TCGA数据的正常和癌组织怎么分组,转移和未转移怎么分组,配对样本怎么挑选?

27,如何从TCGA数据中提取出lncRNA?

28,同一基因出现不同的分析结果,我该信谁?

29,做通路分析时,肺癌的数据聚类出肝癌的通路,这是怎么回事?

30,我想进一步学习,但害怕四处折腾踩雷,有什么避雷指南?

31,别人生信学3个月或学半年,我怎么学,才能后来居上,超过他们?

 

【主办单位】

玮瑜科研平台(上海玮瑜生物科技有限公司)

【承办单位】

上海玮瑜生物科技有限公司

上海焦务科技服务中心

【培训时间】

2022年5月14日-15日

【注册费用】

注册费用:3200元/人

可开会务、注册、检测、分析服务等发票

 

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