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5月线上培训班:R语言挖掘公共数据库(TCGA、GEO)发表文章

R语言挖掘公共数据库(TCGA、GEO)发表文章

现场完成一篇文章的流程以及所有图表,

全程实战,全程讲解代码,全部是自己的文章

无限回放,建群完善更好的售后服务

2022年5月14-15日  (线上授课 互动性强)

 

【课程简介】

没有经费做课题,没有实验造图形?其实,聪明人必须学着绕过去,我们不需要经费,完全不需要实验。

用R语言挖掘公共数据,发表SCI文章

R语言是科研工作者必备技能。本次会议以一篇SCI全文复现为目的,不瞎学R,用R解决科学问题,用R去发现新的临床问题。

【学习目标】

根据自己的专业,找到课题、挖掘机制、锁定标记物

基金中呈现漂亮的图表和前期基础

掌握R语言处理GEO,TCGA数据的所有核心技能

科研绘图的所有技能

【课程特色】

全程实战,全程讲解代码,全部是自己的文章,重点讲解关键步骤,

更多的售后服务,更好的掌握所有技能。

最大胆、最全面、最深入人心地直达灵魂地讲解。

至少2个套路的全程实战,让你快速掌握数据挖掘套路。

现场完成一篇文章的流程以及所有图表。

【授课老师】

猴哥:武汉大学博士,副主任医师,讲师,发表SCI论文25篇,历任3家公司数据分析师,100篇meta分析数据分析经验,43场公益讲座授课基础,5年免费答疑的耐心和责任心。主持国家自然科学基金1项,主持省级课题3项、湖北陈孝平科技发展基金会肝胆胰恶性肿瘤研究基金1项、国家级大学生创新创业训练计划项目3项。

 

 

日期 主题 主要培训内容
第一天上午

8:30-11:30

R语言实战入门

R安装

Rstudio安装

3小时掌握R语言

菜鸟如何学习R 语言

R语言数据构成和流程控制

如何用好for循环和apply家族函数

如何转换为可以直接套用代码的数据(数据调整)

猴哥文章中的数据清洗和整理

R语言统计和作图简介

R语言无障碍安装和调用

R语言导入和导出

第一天下午

1:30-4:30

R语言模块化技能 GEO数据库从下载、整理、分析、出图、涵义(清除无意义的数据,发表级的热图,最漂亮的火山图,GO分析,KEGG分析,共表达网络)、GEO数据便捷实用的GSEA分析,GEO芯片的探针的注释
第一天晚上

7:00-10:00

全代码实战猴哥芯片meta分析核心部分

11分的文章实例解析生信联合实验套路

Sun M. Integrated analysis identifies microRNA-195 as a suppressor of Hippo-YAP pathway in colorectal cancer. Journal of Hematology & Oncology. 2017. 10(1):79 (IF=11.059, PMID: 28356122)

芯片数据的检索、下载、预处理

猴哥多个GEO芯片联合分析(芯片meta)简介和制作

GEO芯片的探针转化为基因名的N种方法

R语言数据框的调整(掌握tidyr和dplyr)

GE)芯片的差异分析、GO、KEGG、GSEA等

学员练习 (线上指导、配给视频练习)

第二天上午

8:30-11:30

全代码复现生存相关signature文章核心部分

(A prognostic 4-gene expression signature for patients with HER2-negative breast cancer receiving taxane and anthracycline-based

chemotherapy,Oncotarget, 2017)

GEO数据下载    TCGA数据下载

生存相关signature的筛选和降维(lasso模型和rubust模型等)

批量生存分析

单因素生存分析

多因素生存分析

全代码制图

全代码制表

发表级图表的排版

第二天下午

1:30-4:30

TCGA ceRNA文章发表和制作

Sun M. a comprehensive study based on weighted gene co-expression network analysis and competing endogenous RNA network. Breast Cancer Res Treat. (IF 3.626, PMID: 30715658)

TCGA数据下载和数据库找课题

提取mRNA、IncRNA、MiRNA矩阵

ceRNA网络构建

批量生存分析、单因素、多因素、制表、制图

批量GO、KEGG

实战讲解猴哥例文

【课程设置】

 

 

【主办单位】

玮瑜科研平台(上海玮瑜生物科技有限公司)

【承办单位】

上海玮瑜生物科技有限公司

上海焦务科技服务中心

【会议时间】

2022年5月14-15日

【注册费用】

注册费用:3200元/人

两班连报6000元/人(可与其他任何班一起报名)

可开会务、注册、检测、分析服务等发票

 

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